「ちょっと待ってよ、そういうアナタのやっていることは魔女狩りと同じじゃないか!」(悪魔くん)罠とも知らず、悪魔くんは百目とファウスト2世を連れて、埋れ木一家と合流するために後を追った。やがて幻の館へと誘い込まれた一同は、案内してくれるという美少女と出会う。彼女とそっくりの肖像画にびっくりする悪魔くんたち。美少女は、かつて魔女裁判で無実の罪を着せられた、ある少女の悲しい運命を語り始める…。
「悪魔くんだって何も好き好んで苦労ばかりしないで、こうやって悪魔を使えば得するのに…」(貧太)新しい自転車が欲しくてたまらない貧太の前に、怪しい老紳士が現れた。貧太は老紳士に言われるまま、魔法陣から悪魔を呼び出す。現われた悪魔・まんだらけは、貧太の望みを3つだけ叶えてくれるという。3つの願いをすぐに叶えてしまった貧太は、まんだらけに操られ、悪魔くんを倒す手助けをすることになる。
「一度死んだ我々には、原爆や水爆でも通じないのだ!」(油すまし)ある夜、百目は夢の中で父の声を聞いた。彼はその言葉通り、魔方陣の数字を入れ替える。知らずに魔法陣を使った悪魔くんは、十二使徒以外の悪魔を誤って呼び出してしまった。呼び出された悪魔は、超怪物なんじゃもんじゃに変化する。一連の出来事は、悪魔くんを倒そうとする妖怪・油すましと小豆とぎの罠だったのだ。
「年取るとこんなに臆病になるのかなぁ、俺情けなくて涙が出らぁ!」(メフィスト2世)十二使徒たちは壺に閉じ込められてしまった悪魔くんを救うため、かつて妖怪たちと戦ったことのあるメフィスト老に助けを求めた。メフィスト老の力によってどうにか復活を果たした悪魔くんは、天岩戸に封印されていた妖怪たちをよみがえらせたエンマ大王に事件の真相を問い質そうと、地獄へ向かう決意を固める。
「あなたたちがいけないのよ!女王を守る私の仲間を、情け容赦なく捕まえようとしたんだもの!」(モス)夏休みのキャンプに出かけた悪魔くんは、勉強が遅れ気味なことを理由に先生から個人指導を受けることになった。一方の百目たちは、森の中に入って昆虫採集を楽しんでいたが、蝶の妖精・モスの怒りを買って繭に閉じ込められてしまう。しかしこの事件は、悪魔クエレブレの策略のほんの始まりに過ぎなかった。
「どこかでみんなの不幸を喜んでいる黒い影!隠れてないで出てこい!」(悪魔くん)夏の夜、雪が降っているのに驚いた悪魔くんがその場所に行ってみると、瀕死の雪の妖精が倒れていた。妖精の名前はキララ。南極にあるという氷の国フィンダーガットの守り神・ウォーミィが突然暴れだしたので、悪魔くんに助けてもらおうとやって来たというのだ。悪魔くんはキララの頼みを聞いて、南極に向かう。
「フフフッ、このベルゼブブが腕によりをかけてあの世に送り届けてやる」(ベルゼブブ)世間で評判の占い師をテレビで見ていた悪魔くんは、真吾という名前の人をただで占うと聞き、みんなに勧められて会いに行くことに。占い師は悪魔くんを人気のない場所へと誘うと、悪魔・ベルゼブブの正体を現す。アニマムディの鏡を手に入れて世界の支配者になろうと、大林寺魔州が罠をしかけていたのだ!
「ソロモンの笛の音がワシを二千年の眠りから目覚めさせ、魔鏡の中から出してくれた」(視鬼魅)アニマムディの鏡の中にいる視鬼魅が、数々の邪悪な事件の背後にいる黒幕を知っている…一刻も早く視鬼魅に会うために急ぐ悪魔くんに、大林寺魔州の弟子である灰怒羅が襲いかかってきた。同じ頃、先行してアニマムディの鏡のある場所へ向かったユルグたちも、大林寺魔州に攻撃にされて危機におちいっていた!
「秩序は混乱に、平穏は不安に変えることが、悪魔王国建設の礎となるのだ!」(東嶽大帝)悪魔・アムドスキアスによって子供たちは覚めない悪夢の世界で苦しんでいた。インドの四賢人は、これを悪魔くんに力がないためと考え、ソロモンの笛を取り上げてしまう。そのうえ、アムドスキアスとの戦いに協力しようとする十二使徒の魔力まで封じてしまった。自らの存在を賭けた戦いに、悪魔くんはたった一人で挑む!
「そしてこの恐るべき冥界の魔人を呼び出すには、凄まじい力が必要なのである」(ヨナルデパズトーリ)海水浴にやって来た悪魔くんは、海坊主が海難事故を起こしているという話を聞く。しかし海辺で出会ったヒロシという少年は、自分を救ってくれた海坊主セドナがそんなことをするわけがないと主張。しかしまたしても嵐が起きて、海上の漁船が危機にさらされる。悪魔・グラウコスが事件の背後に潜んでいるのだ!
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