魔女見習いの資格を取り上げられ、普通の女の子に戻っていたどれみたち。そのせいでマジョリカは元の姿に戻ることができなくなり、魔女界に戻ることにした。元の姿に戻れない悲しさ、でも誰も恨めないという優しさ、そしてどれみたちとの別れを惜しむ寂しさ…。そんな複雑な気持ちのマジョリカは、どれみたちに書置きだけを残して、見送られる事なく帰ってしまう。それで納得いかなかったのがどれみ・はづき・あいこ・おんぷの四人だった。彼女たちはもうひと目マジョリカに会うため、マジョリカの忘れ物を届けるという事にして魔女界へと向かう事を決意。そこで女王様の庭園に迷い込み、「ウィッチー・クイーン・ローズ」から100年振りに生まれたという魔女の赤ん坊を発見してしまう。これが新たなる騒動の始まりだった!! 魔女界の掟では、誕生の瞬間に立ち会った者は、それから一年間は母親として世話をしなければならない…。再び魔女見習いに戻されたどれみたちは、再会したマジョリカやララと共に、「ハナ」と名づけたその赤ちゃんを育てる事になる。初めての育児に直面したどれみたちは、自分たちもそうやって育てられたという事を知り、様々な苦難や困難を乗り越えながら、やがて自らも成長していくのだった。
バブル戦争から十数年、世界は富める者と貧しき者の二極分化が急激に進み、日本もまたその例外ではなかった。富める者はひたすら己の欲望と快楽を求め、東京はその欲望を満たす快楽都市と化した。パスポートを剥奪され国内でくすぶっていた戦場カメラマン雑賀（サイガ）は、ある日秘密クラブの潜入取材を依頼される。それはセレブの中でも特に選ばれた者だけにしか出入りを許されないと言われる闇の社交場であった。その会員になれた者には究極の快楽が与えられるという。潜入に成功した雑賀に助けを求める謎の少女、神楽（カグラ）。彼女は、秘密倶楽部の支配人、水天宮によって倶楽部のシンボルとして操られていたのだった。神楽をつれて逃げる雑賀、だが雑賀は神楽と接触したことによって特殊な能力に目覚めることになる。そして、水天宮の命を受けた、秘密倶楽部からの追っ手もまた欲望によって特殊な能力に覚醒した者たちだった・・・。秘密倶楽部の支配人、水天宮の真の目的とは、そして神楽とはいったい何者なのか？！「スピードグラファー」雑賀の孤独な戦いが始まる・・・
美しい荒廃感が漂う未来都市。純粋無垢な機械少女ソルティは、擬似家族を演じる男と共に、賞金稼ぎとして生きる。そこで出会う仲間、ライバル、そして家族にも似た暖かな存在。「何もなかった」ソルティが出会う様々な人々との交流。「生活をする」「誰かと共に暮らす」という事の意味。「護るために戦う」ことの辛さ。ひとつひとつの出来事が、ソルティを確実に人間らしく成長させるが、同時にソルティが人間ではないという現実にも直面する。そして、ソルティに秘められた謎が明らかになった時、大いなる陰謀の渦が ソルティとソルティを取り巻く人々を巻き込んでゆく―。
「こんなに早起きするなんて、まーた好きな男ができたな？」 超なまいきな妹ぽっぷのツッコミにぐうの音も出ないまま学校へと向かう春風どれみ。魔法に憧れる自称「世界一不幸な美少女」！ 「結局好きな先輩に告白できなかった…魔法が使えれば…」落ち込んだどれみが知らず知らずの内に足を向けたのは、「マキハタヤマリカの魔法堂」という変わったお店。そこでどれみは、女主人マジョリカの正体を「もしかして…魔女？」と見破ってしまう。 すると、マジョリカは奇魔女ガエルの姿になってしまった！マジョリカは、どれみに責任を取ってお前も魔女になれ、とせまる。魔女ガエルになった魔法使いは、正体を見破った者の魔法でしか元の姿に戻れないのだ。 ひょんなことから魔女見習いになった３人の少女、どれみ、はづき、あいこ。学校と「ＭＡＨＯ堂」を舞台に、３人が一人前の魔女になるための修行の毎日が続く…！
物語の始まりは、宇宙の中心と言われる星。銀河鉄道のすべての始発駅ディスティニー。有紀学（ユウキ・マナブ）は亡き父や兄の遺志を継ぎ、銀河鉄道の安全を守る空間鉄道警備隊（SDF）に入隊する。SDFは宇宙で最も正確と言われる銀河鉄道の運行スケジュールを守るため、各路線で起こる事故、災害、救命救急、宇宙海賊の討伐などに対処している。SDFと銀河鉄道全線を統括する謎の美女レイラ・ディスティニー・シュラは、人や生物、惑星の運命が見える能力を持っている。旅立つ者の未来にどんな苦難が待ち受けていると分かっていても、決してその未来を伝えてはならない“運命の守護者”である。しかし、自分の運命に立ち向かう旅人を、邪悪な力で変えようとする者が現れた時、彼女の秘められた力が発動する。果たして学の運命は、レイラにはどう映っているのだろうか…。銀河鉄道網を脅かす最大の危機が迫るなか、学は自らの運命をどう切り開いてゆくのか…。
