ヴァンドレッドｔｈｅ　Ｓｃｏｎｄ　Ｓｔａｇｅ

タラークとメジェールに刈り取りの危機が迫っていることを知ったヒビキ達ニル・ヴァーナ一行は故郷への帰還の旅を続けている。ある日救難信号を探知、宇宙空間に漂うコールドスリープカプセルを回収する。

コールドスリープしていたのは、ミスティという１４歳の少女だった。彼女は冥王星から刈り取りの危機を伝えるべく旅立ったのだと語る。早速、カプセルにあったデータを解析するパルフェ達だったが、仕掛けられていたウイルスによってニル・ヴァーナがシステムダウンしてしまう。

航行の途中立ち寄った星には、刈り取りとは異なる目的のために意図的に病気におかされている人々が暮らしていた。その星で余命いくばくもない少女と出会い、心を通わせるバート。一方パルフェ達はペークシスの力を利用して、少しでも星を浄化させようと尽力するが、そんな中、敵の急襲を受ける。

物資補給のため立ち寄ったミッションは、荒くれ共の巣窟だった。欲しい物があるなら力ずくで奪い取れと女リーダー・リズに挑発され、ブザムはリズと決闘をすることになる。ところがそのときジェル状の敵がミッション内に侵入、激しい銃撃戦となった。

敵の攻撃を受けるニル・ヴァーナ。敵キューブが集合して現れたのは、偽ニル・ヴァーナだった。いつにも増して苦戦を強いられるヒビキ達。勢いあまったバーネットは無謀な行動を制しようとするガスコーニュに対し、心無い言葉を投げてしまう。

デリ機消失を目の当たりにして呆然とするクルー達。ニル・ヴァーナは敵の激しい追撃を逃れ、ガス星雲の中に避難する。ヒビキ達は冥王星からのカプセルに搭載されていたウィルスを敵機に打ち込むため、再度出撃、敵機内部に突入するが、ピンチに陥る。

ヒビキに興味を持ち、積極的にアプローチするミスティにやきもきするディータ。そんなディータを見たジュラはヒビキとディータを部屋に閉じ込め、コミュニケーションさせようと図る。その様子を見てミスティは、ヒビキとディータの間にある「何か」を感じ、ヒビキのことはなんとも思っていないと宣言するが…。

メイアの誕生日が近い。クルー達はメイアに内緒でサプライズ・パーティーを企画する。ピョロに言われてカルーアの面倒を見ることになるメイアだったが、乗ったポッドが誤って射出され、敵の攻撃を受ける。

敵の攻撃に応戦していたヒビキ達だったが、敵のビームにより、強制的にヴァンドレッドの合体を解かれ、ＳＰ蛮は飛ばされてしまう。ヒビキが気づくと、そこはテレパス達の暮らす星だった。彼らが精神修養の場にしている「祠」に向かうヒビキの心の叫びにペークシスが呼応、ヒビキは自分の幼少時代を思い出す。

タラークとメジェールを目前に控え、浮き足立つ一行は到着記念パーティーの用意に忙しい。バートは昔の資料を掘り出して、ブザムへの「恋文」をしたため渡すが、ブザムからはやんわり断られ、落ち込む。そんなときにタラーク軍の防衛システムにロックオンされるニルヴァーナ。認証暗号を求められ、知らせなければ攻撃を回避することができない。

タラーク軍に拿捕されるバートとドゥエロ。ヒビキは元々密航者なので記録がないのを逆手にとり、二人は彼をペークシスの中に隠す。一方メジェールで裁判にかけられるマグノ一家は、メジェール軍に男との共同生活が理解してもらえない。

グラン・マ、グラン・パをはじめ今後のタラークとメジェールの有り方について議論を交わす八聖翁達。そこに乱入したヒビキからの呼びかけにより、監獄星から脱出したニル・ヴァーナのクルー達の前にタラークやメジェールからも賛同した人々が加勢に集まってくる。

戦闘中に敵船内ではじめて地球人と対面するヒビキ。外では圧倒的な戦力の前に激戦が繰り広げられている。地球側は赤いペークシスを使って、ワームホールを発生させ、宙域ごと消滅させようとする。スーパーヴァンドレッドで必死に阻止しようとするヒビキ達だったが、力及ばない。