魔女界の白い子象・パオちゃんが、ハナちゃんと離ればなれになるのがイヤでMAHO堂にやって来てしまった。ハナちゃんはMAHO堂で飼いたいと言うが、こんなに大きな動物は飼えないと、一同は大反対。それならと、ハナちゃんは魔法でパオちゃんを小さくする。ところがパオちゃんは、とんでもない大食漢で…。
6年2組の伊集院さちこは、誰もが認めるしっかり者の優等生。そんな彼女にも、人知れず悩んでいることがあった。一方のハナちゃんは、だらしないことをどれみたちに叱られて少々うんざり。とうとうMAHO堂を飛び出してゆくと、偶然出会ったさちこが憂鬱そうなのを見て、元気にしてあげようと思い立つ。
ハリウッド映画のオーディションを受けたおんぷは、生まれて初めて不合格を言い渡され、無名の新人に役を奪われてしまった。どれみたちには笑顔を見せるが、内心受けたショックは大きい。彼女はマスコミの目をくらますため、魔法で普通の女の子に変身。街に散策に繰り出し、稽古に打ち込むさくやという女優に出会う。
ババが体調を崩して倒れてしまった。どれみたちが魔法で小さくなって看病したおかげで、夜になると熱も下がって穏やかな眠りにつく。ババは夢を見ていた。先々代の女王さまの孫娘・ローラの夢だ。彼女はかつて猫に化けていたババと仲良しで、先々代の女王さまに作ってもらった猫柄のマフラーを、とても大切にしていた。
今回ハナちゃんが受ける4級試験は、モタとモタモタの飼っているウサギとカメを相手のレース。第千回の記念競争とあって、魔女界全体が異様な盛り上がりを見せている。ところがいざスタートすると、ウサギとカメの動きは鈍く、レースはハナちゃんの圧勝に終わる。二匹には悲しみを与える黒い雲が取り憑いているらしい。
6年1組の木根ひろこは明朗快活な女の子。テストの点が悪くても、男子にイタズラされても少しも動じない。けれどなぜか、自転車だけは大の苦手。クラスメイトの男子・森川がマウンテンバイクの技に失敗して転倒すると、声をあげて泣き出してしまう。彼女は事故を起こして以来、自転車に乗ることが怖くて仕方ないのだ。
久しぶりに魔法使い界に里帰りしたオヤジーデは、国王が眠ったままうなされているのを見つける。報せを受けたどれみたちとFLAT4が駆けつけるが、医者に診せても原因はわからない。しばらくすると、オヤジーデやFLAT4まで眠りに落ちてしまう。どれみたちは原因を探るため、マジカルステージを使う。
あいこは父を説得。離婚して独りで暮らしている母に再婚を申し込ませるべく、大阪に向かった。だが、あつこの父が倒れ、命はとりとめたものの下半身不随になってしまった。あつこは結婚と離婚にまつわる自らの過去を償うため、自分を憎む父の面倒を見ることを決意。あいこと夫に再婚の話はなかったことにしてくれと頼む。
先々代の女王さまを覆う茨も、残りは2本。どれみたちは思い出のプレゼントを作ってあげるため、幸せだった頃の思い出をババに訊ねる。ババが思い出したのは、先々代の女王さまの孫娘・ロクサーヌと恋人ショーンの物語だった。二人は結婚を夢見ていたが、先々代の女王さまの息子にあたる父アンリに強く反対されていた。
ある日、どれみは不思議な女性に出会った。彼女の名は未来、もう二度と魔法は使わないと決めた魔女だった。どれみはガラス細工を教えてもらったお礼に、彼女を連れて美空町を案内して回る。未来はどれみと記念写真を撮ると、魔女の世界を、あまりにも長く生き続けることの本当の意味を、知りたければ一緒に来てと誘う。
ぽっぷがついに一級試験を受けることになった。合格したら念願だった魔女になれる。張り切るぽっぷだったが、姉のどれみよりも先に魔女になることを指摘され、はたと当惑する。いつも姉の背中を追いかけ、姉のやることなら何でもやってきた自分が、初めて自身の意志で道を決めなければならないことに気付いたのだ…。
はづきは勝手に自分の進路を決めようとする母親に怒り、話し合いをすることに決めた。なぜ自分の考えを押しつけるのか?詰め寄るはづきに、母親の麗子は自分を語り始める。彼女はカレン女学院の大学部に在籍していた頃、桜木という恋人がいた。だが、桜木は藤原家の財産めあてに近付いてきただけの男だった。
児童会長として、全校生徒の前で挨拶をする玉木。拍手を受けて優越感に浸るのも束の間、児童会の役職が5年生に引き継がれるという事実を知って落ち込む。その頃、ハナちゃんは一級試験の最中。困っている人を魔法で助けるという課題を与えられ、玉木のもとへ。ところが玉木の落ち込み方は明らかに異常で…。
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