「闇に飲み込まれそうになったら私が手を握って必ず連れ戻す!」(京)ブラックウォーグレイモンを追う大輔たちだったが、異相のズレによって京とヒカリ、そして賢が別空間へと迷い込んでしまった。闇の誘惑を断ち切れないことを恐れるヒカリと、好転しない状況にパニックにおちいる京。二人はそんなお互いの気持ちをぶつけることで理解と友情を育んでいく。そしてそこへアルケニモンから送り込まれた刺客が現われたとき、アクィラモンとテイルモンがジョグレスによってシルフィーモンへと進化した!
「……心…?……心とは、どこに……?」(ブラックウォーグレイモン)当てもなくさ迷うブラックウォーグレイモン。それはダークタワーから生まれた自分に心があることを戸惑っていたからだった。アグモンはそんなブラックウォーグレイモンの前に現われ、話しかけようとする。一方、デジタルワールドの混乱を望むアルケニモンは、マミーモンの提案でホーリーストーンの破壊を試みる。大輔たちはそれを阻止しようとするが、一部の破壊を許してしまい、それによりブラックウォーグレイモンに影響が…!?
「いったいどうして現実世界に現われたの?何のために…」(京)ホーリーストーンを破壊することが自分の生きる意味だと考えたブラックウォーグレイモン。大輔たちの奮闘も空しく、第2のホーリーポイントも破壊される。一方、修学旅行で京都に来ていた京の前に、ブラックウォーグレイモンとデジモンたちが姿を見せる。それはホーリーストーンが破壊された影響で、空間に歪みができたからだった。偶然知り合った空の父と丈の兄の協力で、京はデジモンたちをデジタルワールドへ帰そうとする。
「許せない…!そんな力で世界を変えようなんて…!!」(タケル)またしてもホーリーストーンを破壊したブラックウォーグレイモンに対し、タケルはその増大する闇の力に激しい憎悪の表情を見せる。そんなタケルを理解できずに戸惑う伊織。そして第4のホーリーポイントを守るべく待ち構える大輔たちだったが、圧倒的なブラックウォーグレイモンの力の前に屈してしまう。だがタケルの怒りに呼応するかのように、エンジェモンはホーリーストーンの力を借りホーリーエンジェモンへと超進化した!
「イヤです!……僕は心を持ったあなたとは戦いたくない!!」(伊織)ブラックウォーグレイモンの進撃は止まらず、第5のホーリーポイントも破壊された。大輔が賢を家に招いて真剣に作戦会議を行う一方、タケルの闇に対する憎悪の訳を知りたい伊織は兄のヤマトに話を聞きにいく。タケルの悲しい過去を聞かされ、なぜ闇の力を憎むのか、その理由を知る。しかしどんな理由があろうとも、心を持つデジモンと戦えない…。そう思った伊織はブラックウォーグレイモンの前に立ち塞がり説得を試みようとする。
「…もしかして僕たち、ジョグレス進化できるかもしれない」(タケル)最後のホーリーストーンを探すブラックウォーグレイモン。一方、大輔たちもホーリーポイントのある場所を探しにデジタルワールドの中華街まで来ていた。腹ごしらえに入った店で偶然アルケニモンたちに出会う大輔たち。だがエネルギー不足から敗北してしまう。このまま後を追うよりはまず腹ごしらえが先と、真面目で余裕のない自分を変えてみようとする伊織。この行動に今なら伊織とジョグレス進化ができると、タケルは考えるが…。
「俺はアンタに会えてよかった…」(ブラックウォーグレイモン)ついにアンキロモンとエンジェモンもジョグレスしシャッコウモンへと進化したが、ジョグレス体3体が同時にかかってもブラックウォーグレイモンは止められなかった。しかしその時、大輔たちのデジヴァイスから光が飛び出し、デジタルワールドを守護する究極体:チンロンモンが現われる。チンロンモンに諭され何処かへと去っていくブラックウォーグレイモン。そしてチンロンモンは大輔たちにこの戦いに隠された真実を語り始める。
「あの事件はまだ終わっていませんよ、まだまだこれからです」(及川)ダークタワーもほとんど倒し、デジタルワールドは平穏を取り戻した。太一たちへのクリスマスプレゼントにアグモンたちを現実世界に連れてくる大輔たち。そしてイブの夜、太一たちはヤマトのコンサート、大輔たちは賢の家でパーティーと、久しぶりの平和を楽しんでいた。ところが、お台場にダークタワーとデジモンが突如現れた。大輔たちは事態を収めようと現場に急行するが、それはこれから起こる大事件の幕開けでしかなかった…。
「選ばれし子供たち全員が力を合わせるときだ!」(ゲンナイ)一夜にして世界中に出現したダークタワー。 田町にも現れたと聞いた大輔は、賢を救いに単身田町に向かった。他の選ばれし子供たちは光子郎の家に集まり、今後のことを話し合う。そこへデジタルワールドからゲンナイが現われ、そしてチンロンモンから預かってきた光をデジヴァイスへと注いだ。光を浴びて元の力を取り戻すデジモンたち。苦戦していたパイルドラモンもこの光を浴び、究極体・インペリアルドラモンへと進化する!
「…話しに行ってもいいのだが中国語は解らない」(エンジェウーモン)現実世界に現われたダークタワーをすべて破壊するため、世界中の選ばれし子供たちと協力する大輔たち。大輔はインペリアルドラモンで皆を世界各地に送った後、マイケルの飛行機に乗ってニューヨークにいるミミと合流する。ニューヨークでゲンナイの仲間:ベンジャミンから、チンロンモンの光をもらい力を取り戻すパルモン。そのころ香港では、到着した光子郎とヒカリが言葉の壁からコミュニケーションができずに困っていた…。
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