「ケンカもしないでいたら、一生友達になんかなれないんだ」(太一)太一のパートナーに攻撃できない大輔は、取り返すためには戦うというタケルとケンカしてしまう。そんな二人を見て、過去に対立から友情を育んだ太一とヤマトは温かい目で見守る。そしてカイザーを追う最中、友情のデジメンタルを見つける選ばれし子供たち。誰も持ち上げることができずにいたその時、メタルグレイモンが襲ってきた!戦いの中、仲間の気持ちを理解できなかったことに気付いた大輔に、友情のデジメンタルが反応する!
「俺は女の子とトランプがしたい、だから女の子だけ!」(リボルモン)ピヨモンからのSOSを受け取ってデジタルワールドに向かった空と大輔たち。そこは西部劇の舞台のような荒野。この町の保安官スターモンにピヨモンの行方を聞く空だったが、スターモンはイービルリングに支配されていて全員捕まってしまう。この危機に現われたのは正義の味方を名乗るリボルモンだが、女の子しか助けないと言うと空と京を連れてどこかへ行ってしまう。残された大輔と伊織から話を聞いたスターモンが追いかけるが…
「―思いが世界をつなぐ!!」(テイルモン)誰かに海のようなところへと呼ばれている気がすると、最近ヒカリの様子がおかしい。心配するタケルだったが、兄・太一ばかり頼りにするヒカリに思わず怒ってしまう。その放課後、ヒカリがテイルモンの目の前で忽然と消えた。デジタルワールドに捜しに行こうとする大輔だが、タケルはヒカリが別の世界に行ったことを直感しお台場の海へと向かった。一方見たこともない世界で彷徨っていたヒカリは、自分を呼んでいた声の主と出会う。
「もしかしたら京さんの赤裸々な心の叫びに反応したのかも!」(伊織)デジタマモンのレストランに入った京たちだが、そこの支払いは円でなくドルだった。困った京たちを救ったのは、アメリカにあるゲートからデジタルワールドに入ったというミミとマイケル。彼はアメリカで戦っていた選ばれし子供であった。そこへ突然、性格が変わってしまったデジタマモンが襲いかかる。あくまでもデジタマモンを信じるミミの心に共感する京。彼女の赤裸々な告白に反応して、突如純真のデジメンタルが現われた!
「手裏剣使いのようだけど、でもデジタルワールドじゃ2番目ね」(京)江戸時代を思わせる城下町へと入った選ばれし子供たち。だがすでに町にはイービルリングに操られたデジモンであふれていた。ゲコモンの手引きで城へと逃げ込む大輔たち。城には城主のトノサマゲコモンのほか、多くのデジモンが避難していたのだ。しかし忍び込んだイガモンによってトノサマゲコモンはイービルスパイラルをはめられてしまう。さらにイガモンはシュリモンに手裏剣使いの名をかけた1対1の決闘を申し込んできた!
「ウソだけはいけないって、おじい様に言われたのに…」(伊織)反応があった海底油田へと向かう選ばれし子供たちだったが、メガシードラモンの攻撃で海底油田に閉じ込められてしまう。そこで伊織を一人乗りの脱出ポットに乗せて送り出す大輔たち。助けを求めに現実世界に戻った伊織は、テスト中の丈に会うためウソをついてしまう。そのおかげで救助に間に合う丈とイッカクモン。しかしウソをついた自分が許せない伊織は、せっかく見つけた誠実のデジメンタルを持つ資格はないと自分を責める…
「…私はここよ…もういい、私はここよ…!」(テイルモン)8月1日…それは運命のサマーキャンプがあった日。“選ばれし子供”たちは3年前を懐かしんで、この日に集合して思い出を語っていた。その晩、久しぶりに一緒に過ごすヤマトとタケルは父の勤めるテレビ局で幽霊騒ぎが起きていることを聞く。3年前を懐かしんだ子供たちは、最後の8月3日にそのお台場にあるテレビ局へと足を向けた。しかしテレビ局では幽霊騒ぎがパニックに。そしてこの現象に何かを感じるテイルモンだが…
「…私は、そんな京さんが好きなんです」(ホークモン)カイザーの基地を見つけたこともあって、本格的にデジタルワールドに行く計画を立てる “選ばれし子供”たち。太一たちの協力でキャンプに行くということにして、カイザーを倒すまで追い続ける作戦だ。しかし見つけたはずのカイザーの基地はいつの間にか消えていた。緊張が悪い方向にいってしまった京は、周囲が唖然となるほどのカラ回りな行動をとる。その結果、突然現われたドクグモンの猛毒から京をかばってホークモンが倒れた!
「一乗寺さん、いつまで世界征服ゴッコしている気?」(タケル)カイザーの基地が空を移動する要塞であることを突きとめた選ばれし子供たち。タケルと伊織が基地への侵入に成功するが、カイザーは自らが進めていた最終計画に必要な暗黒系デジモンのデータを入手するのだった。それを見て3年前の悲劇を思い出したタケルは、怒りから自分を見失ってしまう。カイザーの目的、それは強力なデジモンたちの優秀な部分を合成したオリジナルデジモンだった。そして究極の魔獣キメラモンが誕生してしまう!
「僕は賢ちゃんを救いたいんだ…お願い僕を信じて!」(ワームモン)無意味な破壊活動を続けるキメラモン。カイザーの暴挙を止めるため、決死の覚悟で移動要塞に侵入する選ばれし子供たち。動力炉さえ破壊すれば移動要塞は止まるが、その前にキメラモンが立ち塞がった。その強力な攻撃によって次々傷つき倒れ、幼年期に戻っていくデジモンたちを見ていたカイザーの動きが止まる。それは現実世界で大輔たちが連れていた生き物だったからだ。カイザーはデジモンをただのデータだと思っていたのだ…
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