「ワームモン、お前こんなに軽かったんだ……ワームモン…?」(賢)移動要塞の動力室で黄金に輝く奇跡のデジメンタルを手に入れたブイモンはマグナモンへとアーマー進化した。そしてワームモンの捨て身の援護を受けてマグナモンは強敵キメラモンをなんとか消滅させる。この結果を見て、デジタルワールドをリセットして最初からゲームをやり直すと言いだすカイザー。だがデジタルワールドも現実の世界だと知らされ、今まで自分がやってきた行動を激しく後悔する。しかし時すでに遅く、ワームモンは…
「えーっ!?俺が成熟期に進化する練習の作戦?」(ブイモン)カイザーが倒れたことで、デジタルワールドにも久しぶりに平穏な時間が訪れた。そこで荒廃してしまったデジタルワールドを元に戻そうと復旧作業に走り回る“選ばれし子供”たち。だがタケルとヒカリは自分たちがまだデジタルワールドに来られることから、この先に何か良くない事件が起こるであろうと考えていた。一方、大輔はヒカリに良い所を見せるためにブイモンを成熟期へと進化させようと、あれこれ策をめぐらせていたのだが…
「僕の命を喜んでくれるのはワームモンだけ?…ううん、違う」(賢)デジタルワールドから自宅へと戻ってきた賢。手放しに喜ぶ父と母だったが、心に大きな傷を受けた賢はひたすら眠り続け、その夢の中で過去を振り返っていた。優秀な兄・治が自慢だったこと、デジヴァイスが現われたときのこと、治が死んでしまったこと、そして謎のメールに従って暗黒の力に取り込まれデジモンカイザーとなったこと。長い眠りから目覚めた賢はふたたびデジタルワールドへと向かった。失った自分の心を捜すために…
「…また、ダークタワーが機能し始めたのかもしれない…」(タケル)少しずつデジタルワールドの町も元通りになり、デジモンたちも町に帰ってきた。ヤル気満々で復旧作業をするべく進化しようとするブイモン。だが、何故か進化できない…。そのころ地下で作業しようとしていた伊織をサンダーボールモンが襲ってきた。操られていないデジモンと戦えないと悩む伊織。この危機を救うためアルマジモンはアンキロモンへと進化できるようになる。そして見たこともない謎のデジモンが現われた!
「もうデジモンカイザーなんかじゃない!…今は仲間!」(京)賢を仲間にしようとする大輔だったが、みんなはカイザーだったころの賢を許せずにいた。そこで直接話に行った大輔だったが、賢は謝罪はするが仲間になれないという。一方、謎の女の行動を目撃したパルモンはミミにそのことを告げようとするが、ゴーレモンの攻撃で気を失ってしまう。ミミの連絡で駆けつけた選ばれし子供たちだったが、本気でダムを破壊しようとするゴーレモンを止めるのためどうするかで意見が分かれてしまう。
「なんで僕はデジモンカイザーになってしまったんだ……」(賢)光子郎からデジタルワールドの異変を知らされる大輔たち。カイザーの移動要塞の残骸に暗黒のエネルギーが集まり、このままでは数百キロに被害を及ぼす大爆発が起こるというのだ。要塞動力炉にあった優しさの紋章が無くなったのが原因と考えた大輔は賢に連絡を取る。だが謎の女が賢に足止めをかけ、さらに完全体のオオクワモンを大輔たちにぶつけてきた。かろうじて間に合う賢だが、自分の犯した罪の重さから捨て鉢な行動を…!?
「凄い一体感を感じたんだ…俺たちは仲間だってそう思ったよ」(大輔)過去の誤ちから自分を責め続ける賢の孤独な心が大輔の熱い言葉によって氷解したその時、奇跡が起きた。エクスブイモンとスティングモンが合体し、パイルドラモンへとジョグレス進化を果たす!完全体に勝るとも劣らない能力を持ったパイルドラモンの力で暗黒の力の暴走を収まらせ、爆発を未然にふさいだ大輔たち。この新たな力:ジョグレスを聞いた光子郎は、まだ大輔たちに話していない、この3年間にあった出来事を語り始める。
「わかってる、まだ仲間になる事に抵抗があるんだよね」(ワームモン)謎の女の行動を未然に阻止するため、ダークタワーの破壊を優先する大輔たち。一方選ばれし子供たちを一掃しようと、謎の女は建物も家具も巨大な館:ギガハウスへ来いと挑戦状を送ってきた。罠と知りつつギガハウスに向かう大輔たち。彼らを待っていたのは昆虫型デジモンの大軍団だった!普通のデジモン相手に、大輔たちは倒すことが出来ず苦戦…。だが妖しい笛の音が鳴り響く場所へとたどり着くと、そこには謎の女が待っていた!
「私の正体が見れて、あなたたち幸せなのかしら?」(アルケニモン)妖しい笛の音によって昆虫型デジモンを自在に操る謎の女。スティングモンとディグモンまで笛の音で操られ、敵となり大輔たちを襲う。しかし大輔たちは協力してパソコンにより笛の音を解析、その音を打ち消すことができる音を作り出してこの危機を脱した。これにより状況は一気に逆転かと思えたが、謎の女はついにその正体である完全体デジモン・アルケニモンへと姿を変える。そしてそこへもう一体、謎のデジモンが現われた。
「伊織も、一乗寺も、もう少し大人になってもらわねぇとな…」(大輔)たび重なる失敗にイラつくアルケニモンはついに奥の手を使うことを思いつく。一方、仲間になったもののお互いになじめない賢と伊織。いろいろと思案する大輔たちだったが、そこへアルケニモンが姿を現した。そして大輔たちの目の前で百本のダークタワーを融合させ、最強にして最悪の究極体デジモン・ブラックウォーグレイモンを誕生させる。その圧倒的な戦闘力の前に、パイルドラモンさえ一方的な敗北をきっしてしまうのだった…。
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