世良は新一に電話をして推理を聞こうと提案する。蘭は電話の最後に昴から頼まれた一言を新一に伝える。新一はその一言をヒントに事件の真相に辿り着き、今朝の事件の現場へ行ってくれと蘭に伝えて電話を切る。この後、コナンは新一から聞いたと前置きして、今回と10年前の事件の真相について語り始める…。
アメ車を専門に扱う会社の社員が立て続けに襲われる事件が発生。小五郎は犯人の指示に従い、現金を入れたアタッシュケースを持って花見クルーズ舟に乗り込む。コナンは舟の行方を追う。犯人はケースを舟の屋根に載せろと小五郎に指示。この後、コナンが舟を見失った短時間の間に屋根の上にあったケースは消えてしまう…。
コナンと蘭は西澤のアパートを訪ね、バスタブの中で溺死した西澤を発見。パソコンからは遺書が発見され、目暮警部は自殺の可能性が高いと判断する。だが、奪われた現金が見つかるまで事件は解決していないと捜査を続ける小五郎。コナンは漁師に協力してもらい、犯人の逃走経路を推理。事件の真相へと辿り着く…。
京都にやってきたコナン、小五郎たち。この日から発売される梅はらの銘菓「京のとり」チョコ味200個が5店舗の土産物屋から全て消えてしまった。この日は先代社長の命日で、職人の1人は先代の祟りと考える。元々、小倉味だけだった「京のとり」。先代の社長は今の社長が発売した抹茶味を気に入ってなかったという。
コナン、小五郎、蘭は百合香の夫の健吾、友人の水町と共同経営する諏訪山ワイナリーへやってくる。施設にはレストラン経営の山口も契約を結ぶために訪れていた。健吾はワインの質を落とす事になると契約に反対しているという。この後、コナンたちは樽蔵で健吾の遺体を発見。警察は水町を犯人と疑うが…。
地区センターの花壇が荒らされる事件が発生。歩美たちが職員の岡村、山崎と花壇を修復していると、フラワーショップ経営の奥田が配達に来る。センターを逆恨みする奥田は岡村と山崎に絡んで揉め事に。午後10時、コナンたちは夜回りに来て頭から血を流した山崎の遺体を発見する。コナンは現場の不可解な点に気付いて…。
小五郎は、矢内みさきから姉のなぎさの自殺を調べ直してほしいと依頼される。高校、大学がある矢内清美学園。そこの大学生だったなぎさの首を吊った現場を目撃したのは演劇部顧問の児玉春恵とみさき自身。それでも、みさきは自殺ではないと信じていた。コナンは現場を見れば何かわかると考えて事件当時の状況を再現して…。
コナンたちは郊外の河原でUFOが墜落したという事件に遭遇。そしてUFOの下敷きになって圧死した岩淵の遺体が発見される。UFOは物理学博士の小沼が開発中のもの。コナンたちは小沼の研究所を調べ、徐々に衝撃の事実が明らかに。このUFO騒動は大蔵という金貸しの隠し資産が絡んだ複雑な事件だった…。
コナン、元太、光彦、歩美、哀は阿笠博士の車で群馬のキャンプ場にやってくる。元太と光彦、歩美、哀は焚き木を拾いに行く。その時、元太たちは男が女性の遺体を埋めている現場を目撃。元太たちは犯人に気付かれ、慌てて近くの山小屋へと逃げ込む。警察は女性の遺体を発見し、コナンは元太たちが事件に巻き込まれたと知る。
山村警部は宇佐木、米住、岩隈から事情を聞くが、誰が犯人か突き止める事ができない。この後、コナンと世良は阿笠の言葉をヒントに遺体の女性が指で何を示していたかに気付き、誰が犯人かを見破る。その頃、山小屋のドアの所にフードを被り、斧を持った謎の女性が現れる。謎の女性は斧を持ちながら元太たちに迫ってきて…。
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