言霊使いの一刻堂のもとにぬらりひょんが現われ、鬼太郎と仲間たちを祓うよう依頼する。しばらく後、祐子の小学校で異変が続発。調査に訪れた鬼太郎を、瀬戸大将たち一刻堂の式神が襲う。なんとか式神を撃退した鬼太郎だが、一刻堂の五芒星に囲まれてしまった。一刻堂は言霊を使い、鬼太郎たちの名前を消し去ってしまう。
封印されていた中国妖怪・刑天のミイラが盗み出されてしまった。中国の茶伊那道士は刑天を取り戻すために日本へ渡り、目玉おやじを訪ねる。一方、蘇った刑天は宿敵の茶伊那道士を捜して海岸の村を荒らし回り、鬼太郎の家に道士が滞在していることを突き止める。キョンシーに変えられたネコ娘が鬼太郎の家に迫る!
森の中でねずみ男を見かけたネコ娘は、彼の様子がいつもと違うことを不審に思って後をつける。街に出たねずみ男は、人間にタダでハツカネズミを配り始めた。仕事を終えた彼が戻っていった廃寺は、無数のネズミで埋め尽くされていた。ねずみ男は妖怪・旧鼠に魂を奪われ、思うままに操られていたのだ。
ぬらりひょんは鬼太郎にニセの手紙を出し、吸血島へ誘い込んだ。毒入りジュースを飲まされた鬼太郎は幻影に苦しみ、吸血ナマコによって全身の血を吸い取られてしまう。ぬらりひょんは鬼太郎の血を吸血樹に与えて成長させ、世界征服のために役立てようと企んでいたのだ。しかし、思わぬ邪魔が入ってしまう。
治法戸市に暮らす人間が、残らずダルマになってしまった。やって来た鬼太郎は、「だるま王国」という不審な看板の掛かったビルを発見する。ところが「だるま王国」があるはずの4階に、どうしてもたどり着くことができない。鬼太郎はどこからともなく現れたミニダルマの後をつけて、ようやく4階にたどり着くが…。
鬼太郎は妖怪ポストに届いた手紙を開けた途端、気を失ってしまった。彼は迷い込んだ悪夢の中で、蛇骨婆に襲われてしまう。3日ぶりに目がさめた後も、夢の中で負った傷が体に残っていた。その後も鬼太郎は夢の中で、様々な妖怪に襲われ続ける。眠ることの出来なくなった鬼太郎は、次第に衰弱してゆく。
山神山に住む穴ぐら入道は開発工事に怒り、病虫を放って人間を襲わせた。しかし工事現場の監督は、あろうことかダイナマイトで穴ぐら入道を脅迫しようとする。怒った穴ぐら入道は、冷気を吐いて現場監督とその場にいたねずみ男を凍えさせる。騒ぎを知った鬼太郎がやって来て、穴ぐら入道を説得しようとするが…。
高名な大学教授が若返りの論文を完成させた。しかし、その論文を妖怪・猫又が盗み出してしまった。若返りの秘密を知った猫又は、人間を襲って若さを吸収してゆく。そのうえ、寿命の長い妖怪から若さを吸い取ることを思いつく。一反もめんや子なき爺やぬりかべまでが、猫又に若さを吸い取られてしまう。
雪山に登っていた登山隊が消息を絶った。時を同じくして、山村では人間が木に変わる事件が発生していた。鬼太郎は村に住む春という少女からの手紙を受け取り、調査にやって来た。春は山が村を襲う不気味な夢を見続けていたのだ。鬼太郎は山から降りてきた怪異を目撃するが、目玉おやじにもその正体はわからない。
工事現場の発破によって、八百八狸の封印が解かれてしまった。すると、東京上空に第二の月が出現。人間たちはパニックに陥ってしまう。八百八狸は日本政府に対し、狸王国の設立を宣言。鬼太郎を襲撃して捕まえると、政権を明け渡すよう人間を説得しろと命じる。対抗する日本政府は、第二の月の撃墜を決定するが…。
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