悪徳大臣と社長の企みで、神聖な霊山に高速道路が造られてしまった。怒れる霊山の祟りなのか、高速道路を通って押し寄せた人間たちを巨大なドクロが襲う事件が発生する。がしゃどくろの仕業と見た鬼太郎は説得を試みるが、失敗して捕らわれてしまう。森の奥に連れて行かれた鬼太郎は、動物たちと妖怪・毛羽毛現に取り囲まれる。そこにねずみ男が現われ、毛羽毛現が怒っている理由を語り始める。
祐子の友達・次郎が猫に襲われて行方不明になってしまった。駆けつけた鬼太郎は、驚くべき光景を目にする。町は捨て猫たちに支配され、ペットショップでは動物の代わりに人間が売られていたのだ。そのペットショップの主人は“大黒猫”と名乗り、人間がいかに猫にひどいことをしてきたかを鬼太郎に語るのだった。そして猫たちによる裁判が始まり、次郎が猫を捨てた罪によって裁かれることになってしまう。
ネズミ男は、鬼太郎たちを利用して一儲けを企んでいた。鬼太郎が文句を言うために妖怪屋敷へ足を運ぶと、そこでは妖怪を信じない人間たちが大暴れ。彼らの傲慢な態度に業を煮やした鬼太郎は、仲間の妖怪を集め、心の底から怖い思いをさせて追い出してしまう。ところが太郎少年だけは、どんなに脅かしても表情ひとつ変えない。太郎の父親は、息子が感情をなくしてしまった理由を鬼太郎に語る。
残業続きで疲れ果てた健吾の父親の前に不思議な老人が現われ、蓬来島へ連れて行ってしまった。行方不明の父親を心配した健吾は、鬼太郎に相談。鬼太郎はかに坊主から蓬来島のことを聞き、健吾を連れて行ってみることに。一行は不思議な霧の中に蓬来島を発見するものの、徐福と名乗る老人に壷の中に閉じ込められてしまう。一方、いち早く上陸を果たしていたネズミ男は、美しく光る石を見付けてネコババしようとするが…。
祐子の友達の祥一が姿を消してしまった。妖怪・まくら返しの仕業だと確信した鬼太郎は、まくら返しの住み処である夢の世界へ向かう。しかし、反撃にあって絶体絶命の窮地に陥ってしまう。目玉おやじは、ネズミ男に岩塩を投げさせてピンチをしのぎ、祥一を助け出して夢の世界から脱出する。反撃を予感した目玉おやじは、持ち帰ったまくら返しの腕をおとりに使い、ある作戦を立てる。
不潔だらけのネズミ男の家に、妖怪・あかなめと白うねりが住みついてしまった。ネズミ男は恐れるどころか、2人を利用した商売で大儲けを企む。その悪徳商売もすぐに鬼太郎の知るところとなり、仕方なく白うねりは川に流し、あかなめとも別れたのだった。ところが、川が汚染されていたせいで白うねりが巨大化し、町中に汚れをまき散らし始める。ネズミ男は、鬼太郎に退治される前に説得しようと試みるのだが…。
鬼太郎そっくりの偽者が、海辺の村で人魚の子供を売り歩き始めた。偽者を捕らえるために天狗岩に向かった鬼太郎は、傷付いた人魚の子供を助ける。人魚の子供は鬼太郎に、妖怪・さざえ鬼に囚われている仲間を助け出して欲しいと頼む。鬼太郎は頼みを聞いてさざえ鬼の隠れ家へと向かうが、突如として巻き起こった大渦巻きに飲み込まれてしまう。気が付くと身体の自由は奪われ、例の偽鬼太郎がそばに立っていた。
ネズミ男が一反もめんを連れて、南の島の宝探しに出かけてしまった。心配したネコ娘は鬼太郎に相談する。島の海域には化け鯨が出現するという噂があったのだ。後を追う鬼太郎とねこ娘。その頃、宝探しツアーの船に潜り込んだネズミ男は難破船にたどり着いていた。そこは化け鯨の守る鯨の墓場だった。姿を現して荒れ狂う化け鯨は、どうやら人間が勝手気ままに廃棄物を投棄することに怒っているらしい…。
祐子の友達・晴美が、鬼太郎に相談を持ちかけてくる。最近、父親がひどく元気をなくしているというのだ。鬼太郎が後をつけてみると、晴美の父は子供の頃の想い出の世界で遊んでいた。そこは黄泉の世界に他ならなかった。目に見えて元気がなかったのは、黄泉の世界の食べ物を口にしたせいで魂がやせ細っていたのだ。救い出さなければ、やがては死んでしまう。ところが鬼太郎の目の前で、晴美の父は何者かによってさらわれてしまう。
多発するダイバーの遭難事件の真相を探るため、鬼太郎たちは絶海の孤島へ向かった。しかし、突如発生した大津波に呑まれ、惨たんたるありさまで島に打ち上げられてしまう。気を取り直して冒険を始めるものの、まるで島自体が意思を持っているかのように、鬼太郎を洞窟に吸い込んでしまう。一方、洞窟の中でダイバーたちと再会したネズミ男は、宝が隠されていると直感して更に奥へと向かうが…。
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