「じ、自雷鬼…!あの自雷将軍のせがれ…」(ヒドラー元帥)自雷鬼の父である自雷将軍は、かつてヒドラーの奸計にかかって裏切り者として処刑されていた。汚名のもとに生きてきた自雷鬼は、一族の再興を期してゲッターロボ打倒に名乗りを上げる。彼は要塞島で東京を攻撃、ゲッターロボをおびきよせる。だが、自分の地位をおびやかされることを危惧したヒドラー元帥が…。
「百鬼帝国がダイヤモンドを集めて、いったい何を企んでいるのか、君たち突きとめてくれたまえ!」(早乙女博士)アメリカ西部でダイヤモンドだけを狙う宝石店強盗が多発、百鬼帝国が関係しているとみた連邦捜査局から、ゲッターチームに出動要請が届いた。調査におもむいた一同が荒野で野宿をしていると、ギャング団が襲いかかってきて、ゲットマシンの燃料タンクが破壊されてしまう。ギャング団は予想通り、百鬼一族だった。
「ゲットマシンが飛び立てば、こうもり爆弾が一斉に爆発して、マシンは瞬時にして破壊されます」(紫電鬼)紫電鬼の部隊が林を伐採したため、すみかをなくしたこうもりの大群が早乙女研究所に押し寄せた。追い払っても舞い戻り、ゲットマシン発射場に巣を作る。しかもこうもりの一匹ずつに、小型爆弾が仕掛けられていた。これでは発進した途端、ゲットマシンは爆発によって破壊されてしまう。出撃不能に陥ってしまったのだ。
「風鈴だよ。君、なんにも知らないんだな。どこから来たの?」(元気)元気は見知らぬ少年と友達になる。スイカや風鈴さえ見たことがないという、不思議な子供だった。その頃、早乙女研究所の地下では異常震動が感知され、出動したゲッターロボが地下に大空洞を掘りつつあるメカ地虫鬼を発見していた。元気と友達になった地虫鬼が、“つるべ落とし作戦”を進行させていたのだ。
「あなたはゲッターチームの女王様。でも、あたしがその座をうばってやる」(胡蝶)女子水泳大会に飛び入り参加し、ミチルに勝利した美少女・胡蝶。彼女に一目惚れしたゲッターチームの三人は、誘われるままホタル狩りに出かけた。彼らが不在になった隙をつき、ヒドラー元帥率いる戦闘機部隊が早乙女研究所を急襲する。ところが、現れたメカ胡蝶鬼が行く手をはばみ、ゲッターロボは一人で倒すと宣言する。
「なんてヤツだ!ゲッター線をみんな吸い込んでやがる」(ベンケイ)サッカーの試合相手の応援団に逆恨みされ、腕を折られそうになったリョウを助けてくれた男は、いずれ正々堂々と戦おうと言って去る。その男こそ、百鬼一族の科学者・鉄甲鬼だった。彼は自ら開発したメカ鉄甲鬼でリョウに挑戦してくる。メカ鉄甲鬼は、ゲッターロボのあらゆる武器に対抗できるよう設計されていた。
「あの小犬、使い道があるかもしれんぞ」(闇竜鬼)元気はケガをした小犬を見つけて連れ帰り、コロと名づけて可愛がる。翌日、ゲッター線増幅炉分解点検のため、早乙女研究所は厳戒体制に入っていた。ところが、コロの開けた隙間から六匹の犬が研究所に入り込んでしまう。犬たちは百鬼一族の闇竜鬼に操られていたのだ。動物を手先に使う作戦に、ベンケイの怒りが爆発する。
「火山島が実は百鬼帝国の要塞島だとは、早乙女研究所のやつらも気がつかんでしょう」(グラー博士)伊豆半島沖に火山島が出現した。噴煙に有毒ガスが含まれているため、島に近付くのは容易ではない。実はこの火山島、百鬼帝国の科学要塞島がカモフラージュしたものだった。百鬼軍は日没とともに、火山島からの早乙女研究所への奇襲作戦を決行。メカ妖剣鬼が率いる大編隊の空爆を浴び、研究所は危機に陥ってしまう。
「ゲッターロボは、ついに罠にはまったぞ!灼熱の噴火口の中に落ちて死んだ!」(金剛鬼)南国の火山島・竜王島で、秘密の国防会議が開かれることになった。早乙女博士は会議に出席するため、バカンスを装って島へ赴く。しかし、国防会議開催の情報はヒドラー元帥に察知されていた。指令を受けた金剛鬼が竜王島を占拠、博士たちを人質にゲッターロボを呼び寄せ、竜王島火山の噴火口に突き落とす。
「メカ要塞鬼はまもなく完成いたします。これこそ今までのメカロボットの力を集結した最強のものです」(グラー博士)日本近海に科学要塞島が現れたとの連絡を受け、ゲッターチームが出動する。彼らが到着した時には要塞島は既に北極海へ移動し、早乙女研究所総攻撃のためにメカ要塞鬼の最終調整をしていた。ところが百鬼帝国一の怪力の持ち主・大輪鬼が、仲間の復讐に燃えるあまり、一人でゲッターロボに戦いを挑んでしまう。
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