「あっしは、はなっから悪魔くんとか見えない学校とかに味方する気はなかったんっすから」(こうもり猫)人間に味方する白悪魔たちが囚われたと聞いたこうもり猫。自分が助けを求めても誰も信用してくれないと思い込み、単独で救出に向かう。待ち受けていたのは、かつてこうもり猫を使い魔としていた魔女ヘドラだった。彼女との契約を破れば、生きながらにして死の苦しみを味わうゾンビエキスを飲まなければならないが…。
「いや、この川は地獄に通じている。セトも自業自得さ…」(ユルグ)エジプトのミイラたちが、長い眠りから目を覚ましてさまよいだした。地下王国でミイラたちの魂を守っている、オシリス王の身に何かあったに違いない。エジプトへ向かった悪魔くんは、墓守に案内されてオシリス王のもとへ。そこにはオシリス王に代わってエジプトを支配しようと企む、アヌビスのセトが待ち構えていた!
「なんとしてもソロモンの笛で、見えない学校を動かさなきゃ…」(悪魔くん)ラーの石の力を使ってしまったため、このままではスフィンクスが暴れだしてしまう。そうなる前にオシリス王を奪還しなければならないが、王のいる魔空間に行けるのは見えない学校だけ。激戦に次ぐ激戦で疲れ切っている悪魔くんは、最後の力を振りしぼり、見えない学校を動かすためにソロモンの笛を吹きはじめる…。
「今日の卒業式は、大いなる決戦のための新たなる旅立ちなのだ!」(ファウスト博士)伝説の力の一端を見せたことで、十二使徒は見えない学校の第一課程を修了。今日は晴れの卒業式だった。しかし喜びもつかの間、またしても異変が発生。天空船を手に入れたルキフェルが、日本に眠る霊魂を手に入れようと行動を開始したのだ。野望を阻止すべく立ち上がった悪魔くんの前には、プルトーとベリアルが現れる!
「ボクもパパやママがいる子うらやましいモン。でも…でも、ボク辛抱するモン」(百目)ルキフェルから見えない学校を守るため、ファウスト博士は姿を隠すことにした。そのため、十二使徒たちは人間界での生活を余儀なくされ、幽子が豆ユーレイを残して失踪してしまった。幽子を探して自宅に戻った悪魔くんは、妹・エツ子の人格が豹変していることに驚く。しかも奇妙な事件は至る所で発生していて…。
「みんなと一緒に全ての美しいものを守るために戦うことが、私の鳥人としての誇りです」(鳥乙女)赤く染まった月を見て何かを感じた鳥乙女は、こうもり猫とサシペレレを連れてイースター島にやって来た。おりしもイースター島では、年に一度の鳥人祭が行われていた。導かれるように遺跡に向かった鳥乙女の前に、鳥人悪魔一族のアンドレアルが現われる。アンドレアルは鳥乙女に、驚くべき出生の秘密を語り始める…。
「逃げだしたりしないモン。その代わり、もしやっつけたら白ナツメの実を分けて欲しいんだモン」(百目)悪魔くんはイースター島から戻って来たが、洞くつには百目たちの姿はなく、残っていたのは悪魔ストレスに苦しむ豆ユーレイたちだけ。百目たちは悪魔ストレスに効く白ナツメの実を捜しに、ニューギニアのブーゲンビル島を訪れていたのだ。ところが島には、四天王最後の一人・アインも霊魂を集めに上陸していた。
「僕たちが努力すれば、必ずみんなが本当に幸せになれる世界が築けるはずです。それがボクの夢なんです!」(悪魔くん)別行動をとる妖虎たちが心配になった悪魔くん。後を追うと、蓬莱島に住む八仙人が現れて挑発してきた。彼らの真意が気になる悪魔くんは蓬莱島を訪れ、魂を抜かれた妖虎たちを見つける。姿を現した八仙人は、衝撃的な言葉を伝える。世界が乱れているのは悪魔くんのせいであり、今すぐに戦いを止めよというのだ…。
「誰じゃ?ワシはクモの子供なんか持った覚えはないからして…」(メフィスト老)メフィスト2世は怪しい気配を察知。ほら穴に入っていくが、そこにはクモ仙人が潜んでいた。何とか脱出を果たしたメフィスト2世だが、クモ仙人にクモの姿に変えられてしまったため、悪魔くんにさえ自分の本当の姿に気付いてもらえない。しかもクモ仙人は、ソロモンの笛を奪おうと、今度は悪魔くんに襲いかかってきた!
「悪魔くんは俺の命の恩人なんだ!その借りを返さなきゃ、このベルゼブブ様の男がすたるってもんよ!」(ベルゼブブ)奪われたソロモンの笛を取り返すべく、悪魔くんは魔界の探索を開始。一方のルキフェルは、悪魔くんを支えるもう一つの大きな力である見えない学校を破壊しようと、ベルゼブブに命じて所在を探させていた。悪魔くんへの恩を返すため、逃げ出そうとするベルゼブブ。ルキフェルの前には一人の男が立ちふさがり…。
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