超進化したメタルグレイモンの力でエテモンを倒したものの、自らも次元の亀裂に取り込まれてしまった太一。気がついた太一の目に映ったのは、見覚えのある公園……元いた世界の懐かしい景色だった。 戸惑いながらも自宅のマンションを目指す太一。そこで太一を待っていたのは向こうの世界に行ってからまだ一日も経っていないという衝撃の事実と、なぜかデジモンの存在を知る妹のヒカリだった……。
妹のヒカリに別れを告げ、太一とアグモンは再びデジタルワールドに戻ってきた。デジヴァイスの反応を頼りに仲間たちを探す太一。やっとのことでトコモンを見つけたものの、そのとなりにタケルや他の仲間の姿はなかった。「タケルは? 他のみんなは?」問いかける太一にトコモンが驚くべき事実を語る。太一たちがいない間にこの世界では数ヶ月の時が流れ、仲間たちもバラバラに別れてしまっていたのだ。
タケルを残して湖の対岸を調べに来たヤマトが見たのは、レストランで働く丈とゴマモンの姿だった。丈たちは食事代が払えなくてオーナーのデジタマモンにこきつかわれていたのだ。しかし失敗続きで仕事はどんどん増える一方。「僕は一生ここから出られないのか」落ち込む丈を見かねたヤマトは、丈を助けるために自分もそこで働くことを決意する。逆に緊張して失敗を繰り返す丈。タケルが気がかりでイライラをつのらせるヤマト。そんなヤマトの焦る気持ちをピコデビモンに利用され…。
仲間たちと別れ、紋章の謎を解くためにゲンナイを捜し続ける光子郎とテントモン。しかし光子郎の紋章を狙うピコデビモンが行く手に立ちはだかる。ピコデビモンのワナにはまり、深い穴へと落ちていく光子郎たち。そこは人の心を奪って商品にする正体不明のデジモン・ベーダモンが支配する奇妙な空間だった。光子郎はベーダモンから命を助けることと引き換えに探求心を捨てるように要求されるのだが…。
ヤマトと別れた太一と丈は、仲間を探すうちに巨大な城にたどりつく。中ではゲコモンとオタマモンが忙しそうに駆け回っていた。なんでもワガママなお姫様のご機嫌を取るために必死なのだという。あきれる太一たちの前に現れたのは、ワガママなお姫様になったミミだった。太一たちの説得にも耳を貸さず、城を離れようとしないミミ。はたしてミミは純真な心を取り戻し、紋章を輝かせることができるのだろうか…?
ピコデビモンの策略で一度はバラバラになった子供たちも、誤解や衝突を乗り越えてお互いの絆を深め、再び一つに集まろうとしていた。そしてその陰には、人知れず仲間たちをサポートする空の姿があった……。空はなぜ、自ら仲間たちの前に姿を現そうとしないのだろうか? 彼女の謎めいた行動に秘められた想いとは、はたして? そして今、ついに強大な敵が動き出す……!!
迷いを振り切り、愛情の紋章を輝かせた空。ようやく全ての仲間が戻ったのだが、再会の喜びにヴァンデモンの脅威が不気味な影を落としていた。突然現れたゲンナイの口から衝撃の事実が告げられる。選ばれし子供は実は8人で、最後の1人を抹殺すべくヴァンデモンが日本への侵攻を計画しているというのだ!計画を阻止すべく、ヴァンデモンの城に潜入する太一たち。着々と侵攻の準備を整えるヴァンデモン。そしてついに、太一たちの目の前で現実世界に続くゲートが開かれた……!!
太一たちの目前で日本に通じるゲートは無情にも閉ざされた。このままではヴァンデモンの日本への侵攻を許し、8人目の仲間を見殺しにすることになってしまう。焦る太一たちに、ゲンナイは10枚のデジモンカードを差し出した。ゲートをふさぐ石盤にそのカードを正しくはめこめば、再びゲートを開くことが出来るというのだ。ただし、失敗すれば別の世界に飛ばされる危険性がある。はたして太一たちはデジモンカードの謎を解き明かし、無事にゲートを開くことが出来るのだろうか?
石版の謎を解き明かし、ついに日本に戻ってきた太一たち。しかし一足先に日本にたどりついたヴァンデモンの軍勢は、すでに8人目の子供を抹殺すべく行動を開始していた。ヴァンデモンの後を追い、光が丘に急ぐ太一たち。そこで太一たちが見たのは、巨体で闊歩し街を破壊するマンモンの姿だった。日本を舞台に繰り広げられるデジモン同士の激しいバトル! そして今、燃え上がる炎が太一の中に眠る遠い日の記憶を呼び覚ます……。
光が丘で自分たちに共通する過去を知った太一たちが次の目的地に選んだのはお台場だった。彼らが光が丘を離れた後に移り住んだその街に、目指す8人目も住んでいる可能性が高いと見たのだ。しかしお台場に行くためには、乗り越えなければならない大きな障害があった。……そう、デジモンたちを連れたまま地下鉄をいくつも乗り継ぎ、東京を横断しなければならないのだ!はたして太一たちは無事お台場にたどり着くことが出来るのだろうか?
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